رهبری بلندپایه ترین مقام بعد از رهبر مذهبی ایران، آیت الله خمینی به شمار می رفت.  بر طبق خاطرات آیت آلله منتظری، دولت در هرزندان یک هیات سه نفری را تشکیل داد تا برای اعدام زندانیان تصمیم گیری کنند. وظیفه این هیات این بود  که با زندانیان سیاسی مصاحبه کنند وکسانی را که از رفتار خود پشیمان نیستند را اعدام کنند.  این هیات که به  " هیات مرگ" شهرت یافت  شامل یک داستان، یک قاضی ویک نماینده وزارت اطلاعات بود. مصطفی پورمحمدی نماینده وزارت اطلاعات در هیات مزبور در زندان بدنام اوین بود. براساس نامه اعتراض آمیزی که توسط آیت الله منتظری به آیت الله خمینی در4 اگوست سال 1988 نوشته شده است: " نقش اساسی را همه جا مسئول اطلاعات دارد و دیگران عملا تحت تاثیر میباشند." سپس آیت الله منتظری اتفاقاتی را  که منجر به قتل عام زندانیان شد برمی شمرد:

نامه ای از امام گرفتند که افرادی از منافقین که از سابق در زندانها هستند طبق تشخیص دادستان و قاضی و نماینده اطلاعات هر منطقه، با رای اکثریت آنان اگر تشخیص دادند که آنها سر موضع هستند اعدام شوند، یعنی این سه نفر اگر دو نفر از آنها نظرشان این بود که فلان فرد سر موضع است ولو اینکه به یک سال یا دو سال یا پنج سال یا بیشتر محکوم شده باید اعدام میشد.

آیت الله منتظری جزییات بیشتری از این روند که به سرعت انجام شده را شرح می دهد:

بالاخره مدتی ملاقاتهای زندانیان را تعطیل کردند و بر حسب گفته متصدیان با استناد به این نامه حدود دو هزار و هشتصد یا سه هزار و هشتصد نفر زندانی – تردید از من است- از زن و مرد را در کشور اعدام کردند، حتی افرادی که نماز میخواندند، روزه میگرفتند، طرف را می آوردند و به او میگفتند بگو غلط کردم، او هم به شخصیتش بر می خورد نمیگفت، می گفتند پس تو سر موضع هستی واو را اعدام میکردند! در نامه چهارم اگوست 1988 آیت الله منتظری به ایت الله خمینی وی به ارائه نمونه ای از روند بازجویی زندانیان و تعیین سرنوشت آنان می پردازد ومی نویسد:

سه روز قبل قاضی شرع یکی ازاستانهای کشور که مرد قابل اعتمادی میباشد با ناراحتی از نحوه اجرای فرمان حضرتعالی به قم آمده بود و میگفت: مسئول اطلاعات یا دادستان – تردید از من است- ازیکی از زندانیان برای تشخیص  اینکه سر موضع است یا نه پرسید: تو حاضری سازمان منافقین را محکوم کنی؟ گفت آری، پرسید حاضری مصاحبه کنی؟ گفت آری، پرسید حاضری برای جنگ عراق به جبهه بروی؟ گفت آری، پرسید حاضری روی مین بروی؟ گفت مگر همه مردم حاضرند روی مین بروند! وانگهی ازمن تازه مسلمان شده نباید تا این حد انتظار داشت، گفت معلوم میشود توهنوز سر موضعی و با او معامله سر موضع انجام داد و این قاضی شرع میگفت من هر چه اصرار کردم پس ملاک اتفاق آرا باشد نه اکثریت، پذیرفته نشد.

آیت الله منتظری مصطفی پورمحمدی را به عنوان نماینده وزارت اطلاعات درهیات زندان اوین معرفی می کند ومعتقد است او نقش مهمی در قتل عام زندانیان تهران ایفا کرد . او دیدار خود با پورمحمدی ودیگر اعضای هیات زندان اوین را چنین شرح می دهد:

این نامه دوم من راجع به این موضوع بود؛ بعد من دیدم آنها دارند کارشان را ادامه میدهند، اول محرم شد من آقای نیری که قاضی شرع اوین و آقای اشراقی که دادستان بود و آقای رئیسی معاون دادستان و آقای پور محمدی که نماینده اطلاعات بود را خواستم و گفتم  الان محرم است حداقل در محرم از اعدامها دست نگه دارید، آقای نیری گفت: "ما تا الان  هفتصد و پنجاه نفر را در تهران اعدام کرده ایم، دویست نفر را هم به عنوان سر موضع ازبقیه جدا کرده ایم کلک اینها را هم بکنیم بعد هر چه شما بفرماییدو...! آیت الله منتظری در یادداشتی خطاب به پورمحمدی ودیگراعضای هیات اوین به تاریخ 15 اگوست 1988 مینویسد:این گونه قتل عام بدون محاکمه، آن هم نسبت به زندانی واسیر قطعا در دراز مدت به نفع آنهاست و دنیا ما را محکوم می کند و آنان را بیشتر به مبارزه  مسلحانه تشویق میکند.

سازمان عفو بین اللمل در سال 1990 درگزارشی درخصوص کشتار جمعی زندان در سال 1988، می نویسد:

 اعدام زندانیان سیاسی  که در اقصی نقاط ایران انجام شده است اغلب در نقاطی بوده که بسیار از محل حمله دور بوده است. این اعدام ها اغلب شامل زندانیان سیاسی  از جمله تعداد نامعلومی زندانیان عقیدتی که پیش از ان سالها در زندان به سر می برده اند بوده است. آنها نمی توانستند هیچ نقشی در حمله یاد شده داشته باشند. آنها در موقعیتی نبوده اند که بتوانند نقش جاسوس را ایفاکنند ودرعملیات تروریسیتی نقش ایفا کنند. بسیاری از آنان پیش از آن محاکمه وبه مدت های مختلفی به حبس درسالهای آغازین دهه هشتاد محکوم شده بودند، بسیاری از آنها فعالیت های غیرخشونت امیز از جمله پخش روزنامه  ویا اعلامیه داشته اند، در تظاهرات شرکت کرده ویا برای خانواده های زندانیان  پول جمع آوری می کردند. بسیاری از اعدامیان در زمان دستگیری دانشجو یا دانش آموز و در سنین نوجوانی یا جوانی بوده اند.  اکثریت قربانیان اعدام  هواداران سازمان مجاهدین ایران بوده اند  ولی صدها عضو و هوادار گروه های سیاسی دیگر از جمله  سازمان فداییان خلق ایران (جناحهای مختلف)، حزب توده ، حزب دموکرات کردستان ایران، راه کارگر و دیگران نیز بوده اند. آیت الله منتظری با استناد به مقاماتی  که درانجام این اعدام ها مسئولیت داشته اند تعداد اعدام شدگان را  2800 یا  3800 نفراعلام می کند، ولی میگوید "تردید از من است."  فعالان  ایرانی، نام 4481 زندانی سیاسی را که به گفته آنان  در آن زمان اعدام شده اند را منتشرکرده اند. ازآنجایی که دولت ایران از اعلام لیست کامل افراد اعدام شده و یا حتی تصدیق وقبول اعدام ها سرباز می زند، ابعاد وگستردگی این قتل عام هنوز نامعلوم وناشناخته است.خانواده های زندانیان اعدام شده به صورت مکرربه دولت نامه نوشته اند واز دولت خواسته اند تعداد زندانیان اعدام شده ومحل دفن آنها را خوستار شده اند. در ژانویه 2003، آنها همچنین در نامه ای به کمیسیونرعالی حقوق بشر سازمان ملل ، مری رابینسون و رییس گروه کاری بازداشتهای خودسرانه سازمان ملل، لویی ژوانه  نامه ای نوشتند وکمک آنها را برای مشخص کردن حقایق اعدام زندانیان سیاسی خواستار شدند.. برطبق اظهارات خانواده های برخی از این زندانیان اعدام شده، جسد بسیاری از آنها به صورت بی نشان در گورهای دسته جمعی وفردی در منطقه خاوران تهران به خاک سپرده شده است. این خانواده ها اغلب برای یادبود بستگان اعدام شده خود در خاوران گرد هم می آیند.

خانواده برخی از زندانیان اعدام شده به سازمان دیده بان حقوق بشر گفتند که در سپتامبر 2005 دولت جدید شروع به تغییر شکل این منطقه در خاوران کرده وسنگ قبرهایی را که توسط خانواده ها درآنجا گذاشته شده بود را ویران کرده است. انها گفتند که دولت در حال تغییر شکل و نابود کردن محل یاد شده برای از بین بردن هر نوع مدرکی از محل خاک سپاری افراد یاد شده است.

پور محمدی و قتل های زنجیره ای سال 1998

 مصطفی پورمحمدی در سال 1998 زمانی که مامورین وزارت اطلاعات پنج روشنفکر وفعال سیاسی برجسته ایرانی را به قتل رساندند، معاون وزیر اطلاعات بوده است:

·داریوش وپروانه فروهر در 22 نوامبر درمنزل خود در تهران به قتل رسیدند

·مجید شریف در 20 نوامبرناپدید شد وجسدش 25 نوامبر درخیابانی در تهران یافته شد

·محمد مختاری در تاریخ3 دسامبر ناپدیدو جسدش در 9 دسامبر پیدا شد

·جعفر پوینده در تاریخ 9 دسامبر ناپدید و جسدش در 13 دسامبر در حومه شهر تهران یافته شد.