برخي از تحقيقات خود درباره نقض حقوق بشر را در صحن علني مجلس ارائه کرد. قتلهاي زنجيره اي، حمله به کوي دانشگاه، قتل زهرا کاظمي و شکايت دهها تن از دستگير شدگان توسط نهادهاي موازي اطلاعاتي، توقيف مطبوعات، شکايت دانشجويان و روزنامه نگاران، از جمله مواردي بود که کميسيون اصل نود توانست پس از دريافت شکايت آنها را مورد بررسي قرار دهد. حتي عاملان بازداشت شده قتل هاي زنجيره اي هم که از اعضاي وزارت اطلاعات بودند و پس از دستگيري مورد شکنجه قرار گرفته بودند، به کميسيون اصل نود شکايت بردند.اعضاي اين کميسيون در تمام دوره مجلس ششم تحت فشار برخي مراکز قرار داشتند، اما همچنان وظايف خود را در بررسي، تحقيق و انتشارگزارشهاي حاصله پي گرفتند. اگرچه نتايج تحقيقات اين کميسيون نيز مانند گزارش هاي هيات پيگيري و نظارت بر اجراي قانون اساسي در اغلب موارد از سوي ناقضان حقوق بشر در کشور ناديده گرفته شد و نتيجه اي در احقاق حق قربانيان نداشت، اما به عنوان اهرمي براي عدم گسترش نقض حقوق بشر در کشور عمل کرد و در پاره اي از موارد سبب شد تا مخالفان اصلاحات که براي رسيدن به اهدافشان از نقض حقوق بشر ابايي نداشتند، نتوانند نتايج دلخواهشان را کسب کنند.با تشکيل مجلس هفتم، عملکرد کميسيون اصل نود نيز شکل ديگري به خود گرفت. در طول قريب به سه سال گذشته هيچ گاه کميسيون اصل نود مجلس هفتم در ماجراي نقض حقوق بشر وارد نشده و برخلاف فلسفه اش که رسيدگي به شکايت شهروندان ازعوامل حکومتي است، حتي در بعضي موارد به ابزار ناقضان حقوق بشر و شهروندان تبديل شده است. اعتبار اين کميسيون زماني بيشتر زير سئوال مي رود که برخي از قربانيان نقض حقوق بشر در کشور از شکايتهاي جعلي و فشار نهادهاي امنيتي بر قربانيان براي شکايت هاي جعلي به اين کميسيون سخن گفته اند. روزبه مير ابراهيمي يکي از اين قربانيان درباره شکايت منسوب به خود در کميسيون اصل نود مجلس هفتم افشا کرده که: "در دوره اي که من با تهديدات مسوولين پرونده ندامت نامه امضا مي کردم و در مقابل دوربين سيما، شوي تلويزيوني اجرا مي کردم، آقاياني که در اين پرونده همه کار کردند، قانون زير پا نهادند و ابر قدرت بودند، براي پاسخ به حضور برخي از دوستان هم پرونده اي در هيات پيگيري و نظارت بر اجراي قانون اساسي ما را احضار کردند و پس از ساعتها تهديد و ارعاب امضاي مرا پاي نامه اي خطاب به آقاي فاکر گذاشتند تا به اصطلاح خودشان من از سران جبهه دوم خرداد به کميسيون اصل نود شکايت کنم. جالب اين بود که وقتي اين نامه از من گرفته شد قبل از اينکه توسط همان ها که ديکته کرده بودند به مجلس برود، سر از يکي از روزنامه هاي سرشناس در آورد ولي از انتشار باز ماند که خود قصه اي دارد خواندني".
جميله کديور يکي از اعضاي کميسيون اصل نود مجلس ششم درباره اين فعاليت هاي اين کميسيون در آن دوره در مقدمه کتابش نوشته: "کميسيون اصل نود در دوره ششم به رغم تشکيل دير‌هنگامش کارنامه درخشاني از خود در قياس با دوره‌هاي قبلي کميسيون و حتي در مقايسه با ساير کميسيون‌هاي مجلس ششم به يادگار گذاشته. و با اقدامات مثبتي که در دفاع از حقوق ملت داشت، به عنوان جدي‌ترين نهاد ملي دفاع از حقوق بشر در طول دوران پس از انقلاب شناخته شد. هرچند اقدامات کميسيون اصل 90 از همان ابتداي تشکيل، خوشايند دستگاههاي مورد شکايت خصوصا دستگاه قضايي نبود، ولي کميسيون عملا با ورود به مناطقي که بنا به سليقه اصحاب قدرت مناطق ممنوعه شناخته مي‌شد، ولي به بهانه‌هاي واهي امکان ورود به آن حوزه‌ها را نداشت و يا اصلا دغدغه‌هاي اعضاء کميسيون 90 طي ادوار گذشته اين اجازه را به آنان براي ورود به اين حوزه‌ها نداده و نخواهد داد، توانست به عنوان ملجاء و پناهگاهي براي شهرونداني تلقي شود که در مقام شاکي کمتر مکاني براي بيان شکايتهاي خود مي‌يافتند."
نعمت حقيقي، يکي از وکلاي مدافع قربانيان نقض حقوق بشر نيز در مقاله اي درباره علت تفاوت آشکار فعاليت هاي کميسيون اصل نود در مجلس ششم و هفتم مي نويسد: "حضور فردي قدرتمند و آشنا به حقوق و درگير با چالشهاي حقوقي، خصوصاً آنچه در دادگستري با نقض قوانين بر مردم مي رود، با تکيه بر اصل 113 قانون اساسي، که رييس جمهور را مسئول اجراي قوانين معرفي کرده است، مي تواند رابطه تنگاتنگي با مردم برقرار کند و مانع و رادعي براي جلوگيري از تضييع حقوق مردم بسازد. براي نمونه، کميسيون اصل نود مجلس در همه ادوار مجلس وجود داشت، اما در مجلس ششم حضور مقتدرانه آقاي انصاري راد و ديگر بزرگواران، از اين کميسيون پناهگاهي براي مظلومين و آسيب ديدگان از قانون ساخته بود. اما همين کميسيون امروزه آيا جايگاه ديروز را دارد؟ مثلاً، وقتي نايب رييس کميسيون اصل نود، بدون در نظر گرفتن اصل 24 قانون اساسي، در عرصه مطبوعات چالش به وجود مي آورد، تا جايي که فرياد روزنامه نگاران و مطبوعاتيان را درمي آورد، مقايسه اي با کميسيوني که در مجلس ششم پناهنگاه خانواده مطبوعاتيان بود در ذهن به وجود مي آيد".
کميسيون حقوق بشر اسلامي؛تعليق
کميسيون حقوق بشر اسلامي، يکي ديگر از مراکز حقوق بشري منسوب به حکومت است که از سال 74 و در زمان رياست محمد يزدي بر رياست قوه قضاييه کارش را آغاز کرد. اين کميسيون در معرفي خود، علت اصلي تشکليش را چنين توضيح داده: "در سطح سازمان ملل در سال 1993 قطعنامه مربوط به اصول نهادهاي ملي حقوق بشر معروف به اصول پاريس به تصويب رسيد كه برابر آن از كشورها خواسته شد با استفاده از الگوي تعريف شده در اين قطعنامه نسبت به شكل گيري نهادهاي حقوق بشري اقدام نمايند. در الگوي مزبور تصريح شده بود كه نهاد ملي حقوق بشر بايد مستقل باشد، از همه ديدگاهها در آن مشاركت داشته باشند، موارد نقض حقوق بشر را تحت نظارت قرار دهد، در زمينه آموزش و تحقيق و پژوهش استانداردهاي حقوق بشر اقدام كند، به دستگاههاي رسمي كشور براي پيشبرد حقوق بشر مشورت دهد، بر روند اجراي تعهدات بين المللي كشور مربوطه در زمينه رعايت حقوق بشر نظارت كند و ... از سوي ديگر در قعطنامه مزبور تصريح شده بود كه حاكميت نيز مي تواند و بلكه مي بايست همكاري شفافي در روند شكل گيري و فعاليت بعدي نهاد ملي حقوق بشر داشته باشد".کميسيون حقوق بشراسلامي اگر چه هرگز نتوانست نقش چشمگيري در مقابه با نقض حقوق بشر در کشور ايفا کند، اما توانست در برخي موارد به عنوان يک مرکز حکومتي نقش واسطه ميان سران حکومت و قربانيان نقض حقوق بشر را ايفا کند. نتايج فعاليت ده ساله اين مرکز بيشتر ثبت و ارائه گزارش از بازتاب هاي خارجي اعتراضات بين المللي نسبت به بازداشت ها، اعدام ها و مواردي از اين دست براي مقامات حکومت بوده است. با اين حال به نظر مي رسد فعاليت هاي"کميسيون حقوق بشر اسلامي" نيز در يک سال گذشته با محدوديت مواجه شده و به حالت تعليق درآمده است. تا جايي که محمد حسن ضيايي فر، دبير اين کميسيون اخيرا گفته است:" رييس سابق دستگاه قضايي [آيت الله محمد يزدي] از موضع گيريهاي کميسيون در برابر موارد نقض حقوق بشر در داخل کشور حمايت مي کرده، اما رييس کنوني دستگاه قضايي با اين مسأله مخالف است".آنچه در يک سال گذشته در ايران اتفاق افتاده، اگر چه آرام و بي صدا، اما نخستين دستاوردش در آوردن رخت تظاهر درباره حقوق بشر بوده است. انحلال، بازگشت به روش هاي پيش از دوم خرداد، و تعليق. اگر چه مقامات کشور حالا مي توانند خوشحال باشند که از طرف بخشهايي از حکومت براي نقض حقوق بشر مورد سئوال قرار نخواهند گرفت، اما بعضي اين موقعيت را به بيماري مزمني تشبيه مي کنند که مي تواند هر حکومتي را با موقعيت دشواري مواجه کند؛موقعيتي که ناشي از فراموشي حقوق ملت است.